В то время как Эйприл и черепашки оказываются в центре событий феодальной Японии, в Нью-Йорке происходит не менее увлекательная история. Черепашки, используя свои боевые навыки и интуицию, стараются выжить в совершенно непривычных для них условиях. Они сталкиваются с местными жителями, которые принимают их за демонов, и сражаются с самураями, защищая свою жизнь и пытаясь разобраться, где же искать Микеланджело.
Микеланджело, тем временем, оказывается в плену у местной фракции, которая видит в нем таинственного и могущественного воина. Он старается использовать все свое обаяние и чувство юмора, чтобы перезнакомиться с пленившими его людьми и выяснить местоположение скипетра. Параллельно с этим, Раф, Донни и Лео пытаются разыскать его, постоянно сталкиваясь с разными опасностями и неожиданными союзниками. Одного из таких союзников они встречают в лице молодого самурая по имени Кенши, который решает помочь им в обмен на помощь в освобождении своей деревни от жестокого дайме.
В это же время, оставшийся в Нью-Йорке Сплинтер обнаруживает, что скипетр оставил магическую связь между временами. Он пытается настроить эту связь для возвращения своих учащихся обратно. Однако его планы нарушает появление группы злодеев, которые хотят использовать скипетр для своих целей. Сплинтер прилагает все усилия, чтобы не дать им завладеть артефактом и удержать мир в безопасности.
Черепашки и их новые союзники в Японии постепенно начинают понимать, что события, которые разворачиваются вокруг них, связаны с древними пророчествами и историями о легендарных воинах, которые способны изменить ход времени. Сплоченные общей целью и дружбой, они планируют дерзкий побег и возвращение домой.
Финальная битва разворачивается на фоне японской деревни, где черепашки сражаются против армии дайме. В это время Сплинтер в Нью-Йорке активирует магическую связь, чтобы вернуть друзей домой. Используя свою смекалку и боевые навыки, они с трудом побеждают, получая доступ к скипетру. В последний момент, когда кажется, что возвращение уже невозможно, Сплинтер и черепашки, объединив свои усилия из разных времен, наконец-то восстанавливают временную линию и возвращаются домой, в свое время, оставив в прошлом новых друзей и массу незабываемых приключений.
