В 2029 году мир переживает эпоху кибернетической революции, предоставляющей людям возможность заменять свои конечности на усовершенствованные роботизированные части. Майор Мотоко Кусанаги, талантливый и бесстрашный оперативник из элитного 9-го отдела службы безопасности, сталкивается с одним из самых сложных дел в своей карьере. Её целью становится поимка загадочного и неуловимого хакера, известного как Кукловод.
Кукловод проникает в сознание людей, взламывая их кибернетические оболочки и манипулируя их волей. Жертвы теряют контроль над собой, становясь марионетками в руках этого опасного преступника. Пытаясь разобраться в этом запутанном деле, Майор Кусанаги и её команда приступают к расследованию, касающемуся целого спектра преступлений: от мелких краж данных до политических заговоров и убийств на заказ.
Каждый ход Кукловода оставляет за собой следы цифровых манипуляций, которые Мотоко и её команда отчаянно пытаются отследить. Но хакер неуловим, и чем глубже Майор погружается в расследование, тем больше она начинает сомневаться в границах между реальностью и виртуальным миром. Её собственное существование, когда-то казавшееся устойчивым, теперь подвержено сомнению по мере того, как она сталкивается с вопросами о своей идентичности и природе искусственного сознания.
События разворачиваются стремительно: Кусанаги предпринимает опасные операции, внедряясь в самые охраняемые системы сети города, чтобы обнаружить местонахождение Кукловода. Между тем, она должна преодолевать внутренние конфликты и разногласия в команде 9-го отдела, где не все готовы следовать её методам.
В кульминации, когда прошлое и будущее сталкиваются, Майор Кусанаги предстоит сделать выбор, который определит не только её судьбу, но и будущее взаимоотношений людей и машин. Финальная схватка с Кукловодом раскрывает неожиданные тайны о происхождении хакера и приводит к осознанию сложных истин о самоидентификации и свободной воле.