Сериал "Цирк марионеток" начинает свое закрученное повествование с драматичной встречи Наруми Като и Масару Саиги. Наруми, страдающий от загадочной болезни, и Масару, оказавшийся мишенью для собственной семьи из-за богатого наследства, объединяют усилия в борьбе за выживание, когда их начинают преследовать страшные деревянные марионетки, обладающие нечеловеческой силой. Внезапно в схватку вмешивается таинственная девушка по имени Широгане. Она использует собственную марионетку, помогая отразить нападение и спасти Масару. Широгане оказывается не только опекуном мальчика, но и мастером в манипуляции марионетками, что добавляет загадочности и интриги в разворачивающиеся события.
Постепенно зрители погружаются в мир, полный секретов и опасностей. Наруми вынужден не только защищать Масару, но и искать лекарство от своей странной болезни. Его зависимость от смеха людей становится мучительным испытанием, требующим постоянной борьбы за жизнь. Широгане, со своими собственными тайнами и мотивами, становится его надежным союзником. Вместе они пытаются раскрыть правду о таинственных марионетках и их создателях.
Путешествие героев приводит их в разные уголки мира, где они встречают других обладателей марионеток, каждый из которых преследует свои цели. На своем пути они обнаруживают связь между марионетками и древней организацией, стремящейся к мировому господству. Каждая битва становится все более напряженной, и им приходится справляться с внутренними конфликтами и недоверием друг к другу, чтобы выжить в этом смертельном танце.
Не последнюю роль в истории играют и второстепенные персонажи, каждый из которых вносит свою лепту в развитие сюжета. Их личные судьбы и драмы переплетаются с судьбами главных героев, создавая сложную и увлекательную картину. Однако, несмотря на все преграды, Наруми и его новые союзники упорно идут к своей цели — уничтожить таинственную организацию и раскрыть истинную природу марионеток, которые оказались не просто деревянными куклами, а частью грандиозного плана, способного изменить судьбу человечества.