Майор Мотоко Кусанаги, командир элитного подразделения Девятого отдела, оказывается в центре опасного расследования после убийства премьер-министра Японии. В мире, где технологии и человеческое сознание слились в единое целое, преступления приобрели новый облик. Теперь злоумышленники могут проникать в память и сознание людей, изменяя их восприятие и даже управляя телами.
Расследование начинается с meticulously спланированной кибератаки, в которой использованы передовые технологии для сокрытия следов. Кусанаги, обладая уникальным кибернетическим телом, способным к расширенной интеграции с сетью Призраков, вместе со своей командой должна использовать весь арсенал своих навыков и технологий, чтобы вычислить преступников. Среди членов её команды - Бато, её верный напарник с кибернетическими глазами и невероятной физической силой; Тогуса, единственный представитель человеческого общества с минимальными кибернетическими модификациями, что позволяет ему мыслить нестандартно; и Сайто, снайпер с улучшенными зрительными системами, способный видеть на километры.
Их расследование приводит к обнаружению тщательно скрытого заговора, в котором участвуют высокопоставленные чиновники и загадочные хакеры, известные как "Мастера марионеток". Эти хакеры способны манипулировать разумом людей, превращая их в живых марионеток. В ходе преследования и раскрытия заговоров, Кусанаги сталкивается с философскими вопросами: что делает человека человеком и где проходит грань между искусственным и настоящим? Постепенно она начинает замечать, что границы её собственного "я" становятся размытыми, и она задается вопросом, является ли она действительно независимой или же просто продуктом технологий.
Кульминацией расследования становится напряжённая схватка с лидером "Мастеров марионеток", который раскрывает, что его цель не просто кража памяти, а создание нового типа сознания, объединяющего все данные в сети Призраков. Этот новый вид жизни может стать как спасением, так и угрозой для человечества. В конечном итоге, Мотоко предстоит сделать выбор, который не только повлияет на её собственное существование, но и на судьбу всего общества, определив будущее баланса между человеком и машиной.
