События разворачиваются в Японии в последние дни Второй мировой войны. В центре сюжета 14-летний мальчик по имени Сэйта и его младшая сестра Сэцуко, оставшиеся без родителей после разрушительной бомбардировки их родного города американской авиацией. Отец детей служит в военно-морском флоте, а мать погибает при одном из налётов, оставив их совсем одних в этом хаотичном и безжалостном мире.
После трагической потери детей приютил их тётя, живущая в другом городе. Первоначально она проявляет заботу о сиротах, но вскоре её отношение меняется. Из-за нехватки ресурсов и постоянного чувства голода тётя начинает упрекать Сэйта за бездеятельность и неспособность обеспечить себя и сестру. Она обвиняет подростка в эгоизме и неблагодарности, чем лишь усугубляет страдания детей. Вскоре Сэйта и Сэцуко принимают решение покинуть дом тёти и попытаться выжить самостоятельно.
Они находят убежище в заброшенном бомбоубежище на окраине города и стараются создать там хотя бы иллюзию нормальной жизни. Каждый день Сэйта вынужден искать еду и воду, охраняя сестру от лишений и опасностей. Однако ресурсы истощаются, а здоровье Сэцуко ухудшается. Их единственными радостными моментами становятся время, проведённое на лоне природы, и светлячки, которые освещают тёмные ночи, даря детям мимолётное чувство безопасности и надежды.
Несмотря на все усилия брата, состояние Сэцуко резко ухудшается из-за недоедания и болезни. Сэйта изо всех сил старается найти еду и лекарства, но его попытки оказываются бесплодными. В конечном итоге война, голод и болезни берут верх, навсегда изменяя жизнь Сэйта и оставляя неизгладимый след в его душе.
История Сэйта и Сэцуко становится символом невинных жертв войны, отражая разрушительное воздействие конфликта не только на сражающихся солдат, но и на мирных жителей, особенно детей, чья судьба оказывается сломленной безжалостной реальностью.
