Сериал начинаются на том этапе, когда Макисэ Курису, выдающийся молодой физик, осознает, что она единственная, кто помнит о существовании Ринтаро Окабэ после его исчезновения из этой реальности. Решив спасти возлюбленного, Курису погружается в исследования по теории времени и параллельных миров. Она начинает с изучения записей и дневников Ринтаро, пытаясь понять, что именно пошло не так во время его часто опасных путешествий во времени.
Параллельно другие персонажи, которые были близки к Ринтаро, тоже начинают чувствовать необъяснимое чувство утраты. Итуру Хасида, известный как Дару, лучший друг Ринтаро и гениальный программист, замечает изменения в коде их общих проектов и начинает подозревать, что они затронуты влиянием временных линий. Майюри Сиина, подруга детства Ринтаро, чувствует необъяснимую пустоту, и её мечты начинают принимать характер воспоминаний о событиях, которых, казалось бы, никогда не было.
Макисэ решает использовать изобретение Ринтаро – телефон-микроволновку – для попытки найти способ контакта с другими временными линиями. Она экспериментирует с устройством, изучая различные возможности передачи данных и сигналов между мирами. Однако каждое использование имеет свои риски, и Макисэ осознает, что может поставить себя и своих друзей под угрозу разоблачения властями, которые уже раньше пытались получить контроль над изобретениями Ринтаро.
На протяжении сериала зрители будут следить за тем, как Макисэ пытается собрать команду единомышленников, которые помогут ей разобраться в запутанном клубке временных парадоксов. В ходе этой эпопеи зритель узнает о новых загадочных персонажах, которые, как оказывается, играют важную роль в событиях прошлого и будущего. Попытки восстановить Ринтаро в этой реальности сталкиваются с новыми препятствиями, в том числе с опасными противниками, которые осознают, что его возвращение может изменить баланс сил в мире.
Финал сезона приближает Макисэ к выявлению тайны исчезновения Ринтаро, но также ставит перед ней новые моральные дилеммы: сможет ли она принести необходимую жертву ради спасения будущего, которое они так старались защитить?
