В центре сюжета фильма "Капитан Крюк" находится взрослая жизнь Питера Пэна, который теперь известен как Питер Бэннинг. Он стал успешным адвокатом, обремененным множеством обязанностей и семейных забот. Питер Бэннинг давно забыл о своем прошлом в Нетландии, и его жизнь протекает в строгом соответствии с правилами взрослого мира. Однако его прежние приключения оставили след в памяти других обитателей волшебной страны. Капитан Крюк, заклятый враг Питера, не забыл обиды прошлого и решает заманить своего старого соперника обратно в мир магии и вечной молодости.
В один из обычных лондонских вечеров происходит трагедия: Крюк похищает детей Питера, чтобы вызвать его на дуэль и показать, что Пэн больше не тот дерзкий мальчишка, который когда-то парил над палубами пиратского корабля. Питер вынужден отправиться в Нетландию, чтобы спасти своих детей. Приземлившись в знакомом, но забытом мире, Питер сталкивается с проблемой: он потерял способность летать и вспоминать о себе прежнем. Его приключение становится не только борьбой за детей, но и поиском себя.
В Нетландии Питер встречается с Тинкербелл, верной подругой и феей, которая помогает ему вновь обрести утраченные воспоминания и навыки. Вместе они начинают свой путь через труднодоступные джунгли, сказочные озера, знакомятся с потерянными мальчишками, для которых Питер был когда-то героем и лидером. Он должен не только убедить их в своем возвращении, но и доказать самому себе, что дух Пэна еще живет в нем.
С каждым днем Питер все больше погружается в атмосферу детства, вспоминая о былых подвигах и приключениях. Однако встреча с Крюком неизбежна. Наступает момент, когда Питер вновь оказывается на палубе пиратского корабля, где его ждет решающая битва. Он должен использовать все свои новые и старые навыки, чтобы победить Крюка и вернуть своих детей. В ходе напряженного поединка Питер осознает, что главное оружие не в силе мускулов, а в силе веры и фантазии.
Фильм завершается, когда Питер, вернувшись в реальный мир, обогащенный опытом и воспоминаниями, переосмысливает свою жизнь и ценности. Теперь он знает, что быть взрослым не значит забывать о чудесах, и что иногда достаточно поверить в невозможное, чтобы оно стало реальностью.
