Ветреный йоркширский пейзаж окружает огромный и мрачный особняк, куда Мэри, сирота, прибывает после трагической утраты родителей. Её новый дом — это лабиринт тёмных коридоров и таинственных комнат, в которых замкнулся в своём горе дядя Арчибальд Крейвен. Этот человек, подавленный потерей жены, стремится забыть прошлое и избегает общения с племянницей, оставляя её под наблюдением строгих слуг. Мэри растёт в одиночестве, её дни наполнены пустотой, пока однажды она не обнаруживает в запущенных садах своего нового дома заросшую дверцу, ведущую в заброшенный тайный сад.
Этот сад, некогда цветущий и живой, теперь зарос травой и дикими растениями, однако в нём есть особая магия, которую чувствует Мэри. Девочка начинает заботиться о нём, возвращая его к жизни, и в процессе сама находит внутренние силы и радость, которых ей так не хватало. Но сад — это не просто место отдыха. В его тишине Мэри слышит шёпот о тайнах, скрытых в стенах особняка, и о событиях прошлого, которые связывают её дядю и его покойную жену с этим особым местом.
Вскоре дарованный садом мир изменяет не только Мэри, но и других обитателей особняка. Она знакомится с Диконом, местным мальчиком, умеющим разговаривать с животными, и вместе они начинают открывать давно забытые уголки сада. Дружба с Диконом становится для неё глотком свежего воздуха, и вместе они проникновенно наблюдают, как сад, подобно живому существу, реагирует на их любовь и заботу, наполняясь цветами и жизнью.
Тем временем, по мере того как Мэри все глубже погружается в мир тайного сада, она узнает о существовании своего кузена Колина, сына Арчибальда, который заточён в своей комнате. Мальчик считает себя неизлечимо больным и отстранён от жизни. Однако, находя в Мэри союзника, Колин также начинает преображаться. Их дружба и совместная работа в саду рушат стены недоверия и страха, окружающие его. Вместе они показывают Арчибальду, что даже из самых глубоких ран может прорасти новая жизнь, и сад становится символом исцеления для всей семьи.
