Ключ к их надеждам — философский камень, легендарный артефакт, который предоставляет обладателю безграничные возможности в алхимии. Однако поиски камня превращаются в сложнейшее испытание, полное загадок и опасностей. Братья начинают своё путешествие по стране, сталкиваясь с разнообразными вызовами и угрозами. На их пути встречаются как союзники, так и враги, среди которых главные антагонисты — загадочные гомункулы, созданные искусственным путём существа, обладающие невероятными силами.
Во время своего пути они узнают о существовании секретных заговоров на государственном уровне и сталкиваются с мрачными правительственными тайнами, которые угрожают не только их жизни, но и всей стране. Эдвард и Альфонс быстро понимают, что философский камень требует ужасной жертвы для своего создания, и начинают сомневаться, смогут ли они пойти на это, чтобы вернуть свои тела.
С каждым новым открытием братья осознают, что их личная борьба тесно связана с судьбами других людей и даже всего государства. Они сталкиваются с моральными дилеммами и вынуждены переосмысливать свои убеждения о жизни, смерти и жертвах, которые они готовы принести ради достижения своих целей. Их цель вернуть утраченное постепенно перерастает в борьбу за более высокие идеалы — за справедливость и мир во всей стране.
Сюжет показывает, как братья Элрики, несмотря на многочисленные преграды и страдания, находят в себе силу и мужество для достижения мечты, укрепляя свои братские узы. На этом эпическом пути их поддерживают верные друзья и союзники, такие как офицер Рой Мустанг, бесстрашная и решительная Винри Рокбелл, а также многие другие. Вместе они бросают вызов не только своим личным демонам, но и могущественным силам, которые стремятся повернуть ход истории в свою сторону.