Каллум Линч, осужденный преступник, получает необычный шанс избежать смертной казни, когда его забирает таинственная корпорация Abstergo Industries. В их секретном научном центре Линч узнает, что он потомок ассасинов, элитного братства, которое на протяжении веков боролось с орденом тамплиеров, стремящихся подчинить человечество жесткому контролю. Благодаря инновационной технологии "Анимус", Каллум имеет возможность испытывать на себе воспоминания своего предка Агилара де Нерха — ассасина, проживающего в Испании 15-го века.
Погружаясь в воспоминания Агилара, Каллум становится свидетелем отчаянной борьбы ассасинов против тамплиеров за обладание мощным артефактом — "Яблоком Эдема". Этот артефакт наделен способностью контролировать свободную волю людей и тамплиеры, стремящиеся установить новый мировой порядок, одержимы его поиском. Агилар и его сообщники делают все возможное, чтобы помешать тамплиерам реализовать свои планы, предпринимая дерзкие и рискованные операции на улицах инквизиторской Испании.
Параллельно с приключениями в прошлом, Каллум, обретая новые навыки и силы своего предка, начинает осознавать, что он — ключевая фигура в современном конфликте ассасинов и тамплиеров. С обретением уверенности и решимости, он создает союз с другими потомками ассасинов, чтобы противостоять могущественной корпорации Abstergo, которая является современным воплощением ордена тамплиеров.
Напряженный сюжет переплетается между событиями прошлого и настоящего, и Каллум сталкивается с непростым выбором: следовать пути предков и продолжать борьбу с тамплиерами или отказаться от наследия ассасинов и попытаться жить собственной жизнью. Его внутренний конфликт и растущее понимание сути противостояния выливаются в кульминационное сражение, в котором будут решаться судьбы не только его, но и всего человечества.
