Синдзи Икари, оказавшийся в эпицентре хаоса и разрушения, не может поверить, что его вызвали к отцу, чтобы он сел в кабину гигантского робота. Однако других вариантов нет: Ангел продолжает атаковать, и судьба города, возможно, всей планеты, зависит от его действий. У него нет опыта пилотирования, только тревога и страх. Но ему не остается выбора, и он соглашается. После входа в Евангелион он чувствует странную связь с этим механизмом, как будто становится его частью.
Первая битва Синдзи становится испытанием не только его физических способностей, но и эмоциональной стойкости. Внутри кокпита Евангелиона парень сталкивается с врагом, чей облик и мощь превосходят человеческие представления об угрозе. Несмотря на панику и неуверенность, Синдзи удается активировать робота и дать достойный отпор Ангелу. Это сражение заканчивается его первой победой, но вместе с тем оставляет глубокий след в его душе: он понимает, что отныне несет на своих плечах ответственность за судьбы многих.
В следующие дни Синдзи погружается в мир организации NERV, где он встречает других пилотов Евангелионов, также как и он подростков, вынужденных бороться за выживание человечества. Среди них выделяется загадочная и замкнутая Рей Аянами, о которой ходят странные слухи. Она кажется почти лишенной эмоций, но ее боевые навыки вызывают уважение. Постепенно Синдзи налаживает с ней своеобразный контакт, пытаясь понять, что скрывается за её непроницаемой маской.
Согласно инструкциям отца, проводятся тренировки и симуляции, однако каждая новая битва с Ангелами ставит перед ними новые, гораздо более сложные задачи. Все это время Синдзи тяготит напряженное отношение с отцом, который, как оказывается, не просто руководитель NERV, но и один из ключевых игроков в сложной и опасной игре за будущее человечества. Синдзи предстоит разобраться не только с внешними врагами, но и с собственными страхами и внутренними демонами, осознав, что за каждую победу приходится платить свою цену.
