Сериал начинается с момента, когда обнаруживается загадочная женщина, без сознания лежащая в огромном мешке прямо на Таймс Сквер. Люди в панике, не понимая, что происходит, а вскоре прибывает полиция. В центре внимания оказывается молодая девушка, у которой нет ни документов, ни памяти о том, кто она. Однако на её теле — множество татуировок, каждая из которых представляет собой неразгаданную загадку. На одной из них значится имя агента ФБР Курта Уэллера, что ставит его в нелёгкое положение и заставляет взять на себя руководство по разгадке тайны.
ФБР подключается к расследованию, изучая каждую татуировку на теле девушки. Вскоре агенты осознают, что эти татуировки представляют собой сложную карту, указывающую на серию преступлений и угроз национальной безопасности. Каждая разгаданная татуировка ведет их к новой головоломке, требующей немедленных действий. Девушка, которую агенты временно называют Джейн Доу, постепенно начинает вспоминать отрывки своего прошлого, но далеко не все её воспоминания дружелюбны или приятны.
Сюжет становится все более запутанным, когда одна из татуировок приводит их к заговору международного масштаба. Джейн, благодаря своей скрытой физической подготовке и навыкам, помогает агентам в их расследованиях, но это также вызывает подозрения относительно её собственной исторической принадлежности. В какой-то момент выясняется, что татуировки были нанесены на ее тело специально, и каждый новый шаг подстраивается под то, что может вспомнить Джейн.
Нарастающее напряжение между Уэллером и Джейн отражает сложные личные отношения, которые развиваются на фоне многочисленных операций. Экипаж ФБР сталкивается с опасностями, как извне, так и изнутри, когда становятся известны тайные манипуляции и предательства в собственной команде. Джейн со временем узнает, что является частью куда большего плана, чем она могла себе представить. Каждое раскрытое преступление и каждое новое воспоминание приближают героев к центральной тайне: кто такая Джейн Доу и какова истинная цель её возвращения?
