Во время миссии по поимке хорька на Сакуру, Сикамару и Наруто неожиданно нападают неизвестные ниндзя, которые оказываются не такими простыми, как они ожидали. В разгар схватки Наруто оказывается отделённым от своей группы и вынужден справляться с ситуацией в одиночку. Заблудившись в густом лесу, Наруто находит древний храм, который был давно поглощён природой и стёрт из памяти людей. Здесь он начинает узнавать о древней силе, которая отличается от привычной ему Чакры. Её источником оказывается артефакт, оставленный исчезнувшей цивилизацией, чья мощь была столь велика, что её следы практически уничтожены историей.
Между тем, Сакура и Сикамару, не оставляя попыток найти своего друга, сталкиваются с таинственными врагами, чьи способности и техника сбивают их с толку. Они понимают, что дело намного сложнее, чем простое нападение на миссии — здесь вовлечены силы, выйдующие за границы их понимания. Наруто, в это время, ощущает пробуждение артефакта и видит видения о прошлом, где ему показан мир, в котором не существовало нынешних страны и земель — зрелища, величие которых поражает его воображение.
Изучая артефакт, Наруто осознаёт, что его мощь может стать как спасением, так и угрозой для всего мира, если попадёт в руки врагов. Эти знания ведут его обратно к друзьям, где они объединяются для сопротивления надвигающейся угрозе. Вместе они сталкиваются с загадочным лидером нападавших ниндзя, пытаясь выяснить его мотивы и планы. Битва складывается не в их пользу, и герои вынуждены использовать хитрость и интеллект, чтобы одолеть более сильного и опытного врага.
Параллельно команде приходится решать моральную дилемму: стоит ли использовать найденную силу для победы или лучше скрыть её, чтобы избежать повторения ошибок прошлого? Пока Наруто и его друзья принимают это важное решение, им открывается истина о древней цивилизации — почему она исчезла, и какой ценой досталась им её мощь. Эти уроки истории становятся ключевыми в их понимании и принятии решений по защите своего мира.
Сюжет разворачивается с непрерывным экшеном, интригами и моральными выборами, заставляя Наруто и его товарищей взглянуть на свои убеждения и силы по-новому, чтобы предотвратить катастрофу и вновь оставить след в истории.
