Харухи Судзумия — необычная старшеклассница, которая с первого дня в новой школе объявляет о своих необычных интересах. Она не хочет тратить время на обычных людей, и ее интересуют только пришельцы, путешественники во времени и экстрасенсы. Благодаря своему завораживающему характеру и неутомимой энергии, Харухи быстро привлекает внимание одноклассника по имени Кён, который и становится своего рода "сосудом здравомыслия" в их общении.
Не желая сидеть сложа руки, Харухи создаёт клуб под названием "Команда SOS", цель которого — найти все странное и необычное в мире. Кён, вынужденно вовлечённый в её безумные авантюры, становится первым членом новой организации. Вскоре к ним присоединяется тихая и загадочная девушка Юки Нагато, очаровательная и застенчивая Микуру Асахина и всегда улыбчивый и самоуверенный Ицки Коидзуми. Каждый из них оказывается не тем, кем кажется на первый взгляд, и становится ясно, что Харухи, сама того не зная, привлекла к себе именно тех, кого искала.
Юки оказывается инопланетным наблюдателем, наблюдающим за земной деятельностью Харухи, которая, как выясняется, обладает невероятными способностями изменять мир вокруг себя. Микуру — путешественница во времени, пришедшая из будущего, чтобы следить за Харухи, и предотвратить возможные катастрофы, которые она может вызвать. Ицки, со своей стороны, является экстрасенсом, представляющим таинственную организацию, заинтересованную в уникальных способностях Харухи.
Каждый эпизод сериала является смесью повседневных школьных событий и необычных приключений, связанных с разгадками тайн, которые окружают эту необычную группу. Несмотря на то, что Харухи не знает о настоящей природе своих друзей, она интуитивно создает ситуации, где сверхъестественные способности и технологии оказываются крайне полезными. Разные временные петли, битвы с неведомыми врагами и загадочные события — все это становится частью их школьных будней.
Сериал погружает зрителя в уникальный мир парадоксов и загадок, где Харухи Судзумия представляется как безумный катализатор всех событий, а её друзья стараются сохранить баланс между обычной школьной жизнью и невероятными приключениями, в которые они вовлечены.
