Группа молодых людей, объединенных в секретный клуб под названием SEES, сталкивается с таинственным феноменом, известным как Тёмный час — промежуток времени, который существует между одним официальным днём и следующим. В это время большинство людей погружается в странное состояние, напоминающее летаргический сон; однако члены SEES, обладая необычными силами, противостоят этому и продолжают бодрствовать. Каждый из них — обладатель Персоны, особого проявления внутреннего "я", которое помогает им сражаться с жуткими тенями, выходящими на охоту в Тёмный час.
Лидер клуба, Юки Макидзуки, новенький ученик в школе, который только начинает осознавать всю опасность и загадочность происходящего. Юки, как и все члены SEES, способен призывать свою Персону, что делает его незаменимым союзником в борьбе с тенями. События разворачиваются вокруг его адаптации к новой роли, его взаимодействия с другими членами клуба и постепенного раскрытия тайны Тёмного часа.
Вместе с Юки за разгадку этой загадки принимаются и остальные члены SEES, включая энергичную и решительную Юкару Такеба, холодного и рассудительного Мицуру Кириё, а также нежного, но решительного Дзюнпэя Иори. Каждый из них имеет свои причины для участия в клубе и свои секреты, которые постепенно раскрываются по мере развития сюжета. Они исследуют город, изучают предысторию Тёмного часа и сталкиваются с мощными врагами, действующими в тени.
События начинают накаляться, когда студенты обнаруживают, что Тёмный час связан с теневой организацией, которая стремится использовать его для своих целей. Этот новый враг обладает собственной армией теней и не остановится ни перед чем, чтобы достичь своего. Теперь герои должны не только выжить в этом опасном времени, но и остановить тех, кто угрожает всему человечеству.
На протяжении всех серий тайны становятся всё более запутанными, отношения между героями углубляются, а битвы становятся всё более напряженными. Лишь проявив отвагу, единство и веру друг в друга, члены SEES смогут раскрыть секреты и положить конец Тёмному часу раз и навсегда.
