Коул, осужденный за свои правонарушения в суровом постапокалиптическом будущем, получает уникальный шанс искупить свою вину. Жизнь на поверхности Земли в этом будущем практически невозможна из-за страшного вируса, погубившего большую часть человечества в 2015 году. Оставшиеся выжившие нашли приют в подземных убежищах, где ученые, не теряя надежды вернуть миру его прежнее состояние, создают технологию путешествия во времени. Коулу предлагают стать первым испытуемым этой технологии. Его миссия – вернуться в прошлое и остановить уничтожение человеческой расы.
Коул отправляется в прошлое и оказывается в 2015 году, где мир еще не подозревает о надвигающейся катастрофе. Его задание – найти и уничтожить источника вируса, известного как "Армия 12 обезьян". В этом мире он встречает доктора Кассандру Райли, талантливого вирусолога, которой он рассказывает о своей миссии. Сначала скептически настроенная, Кассандра постепенно начала верить в правдивость слов Коула, видя его знания о событиях, еще не произошедших в их мире.
Путешествия в прошлое оказываются более сложными, чем предполагалось. Коулу приходится постоянно бороться не только с недоверием окружающих, но и с собственными воспоминаниями о будущем, которые начинают путаться с его настоящим. Постепенно он раскрывает тайну "Армии 12 обезьян", сталкиваясь с опасными врагами, готовыми на все, чтобы защитить свои темные намерения. Каждое возвращение в будущее несет новые сведения для ученых, но и новые проблемы для Коула, который начинает сомневаться, возможно ли изменить ход истории и спасти мир от неминуемой гибели.
Напряжение нарастает, когда Коулу кажется, что он на шаг ближе к разгадке. Однако его усилия осложняются предательством и неожиданными поворотами. В конечном итоге, Коул и Кассандра оказываются на грани катастрофы, но благодаря своей решимости и неожиданному союзнику из прошлого, они находят способ обойти ловушки времени. Сериал наполнен интригами, опасностями и моральными дилеммами, исследуя, как далеко человек может зайти ради спасения человечества и искупления своих грехов.